साईबाबांचा जन्म, जन्मस्थान आणि धर्म याबद्दल इतिहासकार आणि विद्वानांची अनेक भिन्न मते आहेत. काही विद्वानांच्या मते, त्यांचा जन्म 28 सप्टेंबर 1835 रोजी महाराष्ट्रातील पाथरी गावात झाला होता.
आतापर्यंत त्याच्या जन्मासंदर्भात कोणतेही ठोस पुरावे नाहीत. तथापि, अनेक कागदपत्रांनुसार, साई बाबा (sai baba) पहिल्यांदा 1854 मध्ये शिर्डीमध्ये दिसले होते . त्यावेळी ते साधारण 16 वर्षांचे होते.
साई सच्चरित्र पुस्तकानुसार साई बाबा यांचा जन्म 27 सप्टेंबर 1830 रोजी महाराष्ट्र राज्यातील पाथरी येथे झाला आणि वयाच्या 23 ते 25 व्या वर्षी ते शिर्डी येथे आले.
साई सच्चरित्र या पुस्तकानुसार, साई 16 वर्षांचे असताना ब्रिटिश भारताच्या महाराष्ट्र राज्यातील अहमदनगर जिल्ह्यातील शिर्डी गावात आले होते.
साई बाबा संन्यासी म्हणून जीवन जगत होते, आणि ते नेहमीच कडुलिंबाच्या झाडाखाली ध्यान करायचे किंवा आसनावर बसून भगवंताच्या भक्तीत लीन असायचे.
यानंतर या तरुण बाबांचे चमत्कार व शिकवण वाढत गेली आणि हळूहळू त्याची प्रसिद्धी आजूबाजूच्या परिसरातही पसरू लागली आणि त्याच्या अनुयायांची संख्या वाढतच गेली.लोक गावोगावांतून त्यांच्या दर्शनासाठी येवू लागले (sai darshan)
श्री साई सच्चरित्रातही त्याच्याविषयी ग्रामस्थांच्या प्रतिक्रियेचा उल्लेख आहे. काही लोक साईबाबांबद्दल असा विश्वास ठेवत होते की त्यांना देवाच्या काही दैवी शक्ती प्राप्त झाल्या होत्या,
कारण ध्यान करताना त्याच्या शरीरावर थंडी व उष्णतेचा काही परिणाम होत नव्हता. दिवसा ते कोणालाही भेटत नव्हते आणि रात्री ते कोणालाही घाबरत नव्हते. ज्याच्या मदतीने ते लोकांना मदत करत असायचे.
लोकांना दया, प्रेम, समाधानीता, मदत, अंतर्गत शांती, समाज कल्याण आणि देवाबद्दलची भक्ती यांचे धडे शिकविणाऱ्या साईबाबांचे सुरुवातीचे जीवन आजही एक रहस्य आहे.
परंतु, इतिहासावरून मिळालेल्या बर्‍याच कागदपत्रांनुसार, त्यांचा जन्म एका ब्राह्मण कुटुंबात झाला होता, त्यांनंतर त्यांना एका सूफी फकीरने दत्तक घेतले होते. तथापि, नंतर त्यांनी स्वतःचे एका हिंदू गुरूचा शिष्य म्हणून वर्णन केले होते .
काही लोक साईबाबांना वेडे समजत असत तर काही लोक त्यांच्यावर दगडफेक करत असत. यानंतर साईबाबांनी गाव सोडले. असे मानले जाते की प्रथम साईबाबा तीन वर्षे शिर्डीत राहिले आणि नंतर एक वर्ष गायब झाले आणि १८५८ मध्ये ते कायमचे शिर्डीला परतले.